Over dit onderwerp schrijft de Tweede Bendecommissie in bijlage 1 en 2:

Herhaaldelijk werd melding gemaakt van problemen in verband met dossiers, processen-verbaal, andere stukken en overtuigingsstukken. Zo werd gemeld dat door een administratieve vergissing bij de rijkswacht de Volkswagen Santana waarmee de overval bij wapenhandelaar Dekaise was gepleegd, naar de schroothoop werd gebracht. Ook zou een bebloed polohemd met achtentwintig kogelinslagen dat door de bende-leden in het Zoniënwoud was achtergelaten, onvindbaar zijn.

Verder is geschreven dat op 8 maart 1990 in een goederenstation in Brussel negen postzakken werden aangetroffen die waren verstuurd door Jean Bultot vanuit Paraguay, en waarvan de inhoud bestond uit - voornamelijk fotokopieën van - stukken en documenten afkomstig uit gerechtsdossiers, en in het bijzonder uit het dossier betreffende de Bende van Nijvel.

Coveliers schrijft dat Bultot hem in november 1988 meedeelde dat er "een aantal documenten uit de bundels verdwenen zouden zijn", en dat hij dit aan de voorzitter van de eerste parlementaire parlementaire onderzoekscommissie meedeelde, maar dat de gerechtelijke diensten het ontkenden. Bultot bevestigde een en ander zelf in de BRTN-Panorama-uitzending van 9 november 1995.

Ponsaers en Dupont wijzen op de teloorgang, in de loop van het onderzoek, van de munitie die was opgevist uit het Canal du Centre, op het verlies van stukken uit het onderzoek betreffende de Sturm Ruger van Cocu, uitgevoerd door de deskundige Tombeur en later door de deskundige Ceccaldi, op de verdwijning van processen-verbaal uit dossierfardes - waarbij een lijst van nummers van de betreffende processen-verbaal wordt afgedrukt - die vervolgens werden vervangen door copies, en op het feit dat bij de aanduiding van de afmetingen van de loop van het wapen van Cocu verschillen tot twee millimeter werden opgegeven; hierbij wordt de vraag opgeworpen of het wapen niet werd vervangen in de loop der jaren.

Bij de bespreking van de feiten die worden toegeschreven aan de Bende van Nijvel en de onderzoeken hieromtrent, geeft Gijsels aan dat met betrekking tot de moord op taxichauffeur Constantin Angelou, onderzoeksrechter Lacroix van Charleroi voor de eerste parlementaire onderzoekscommissie verklaarde "dat het gerechtelijk dossier over deze zaak op mysterieuze wijze verdwenen is". (*) Het verlies van dit dossier wordt ook aangestipt door Haquin, die eraan toevoegt dat het dossier via fotacopies werd gereconstrueerd. Deze auteur besluit hierbij:

"Que penser des pertes de pièces à conviction, des pertes ou des vols de dossiers, d'irrégularités ou de lenteurs de certaines procédures? Des faits isolés ou des manipulations organisées?"

In zijn getuigenis voor de eerste parlementaire onderzoekscommissie bevestigde ook gewezen hoofdcommissaris van gerechtelijke politie Hoyois dat het dossier Angelou, dat oorspronkelijk in het gerechtelijk arrondissement Mons werd behandeld, om nadien te worden gevoegd bij het onderzoek te Nijvel, en later dus ook werd overgeheveld naar het arrondissement Charleroi, was verdwenen tijdens de overzending "van Nijvel naar Charleroi". Volgens de getuige had niemand er belang bij het dossier te laten verdwijnen, temeer omdat de materiële bewijsstukken (hulzen en kogels) nog steeds in het bezit waren van de gerechtelijke overheid.

In hun verhoor stelden substituut-procureur des Konings Jonckheere en onderzoeksrechter Lacroix echter dat het dossier "tussen Mons en Nijvel" was zoekgeraakt, en dat, zodra zij de verdwijning hadden vastgesteld, zij zich daarover hadden beklaagd. Er heeft vervolgens een onderzoek plaatsgevonden, doch men slaagde er niet in een aanvaardbare uitleg voor het verlies te vinden. Niettemin stelden zij dat het weinig waarschijnlijk is dat men dit dossier opzettelijk heeft doen verdwijnen. Gezien de wanorde die vaak in griffies heerst was het zo goed als zeker gewoon zoekgeraakt.

Anderzijds stelde commissielid Coveliers nog de vraag aan onderzoeksrechter Lacroix of het klopte dat bepaalde originele stukken uit het dossier waren verdwenen. Coveliers had dit vernomen uit de brief die hem was toegestuurd door Bultot vanuit Paraguay. Uit de pers blijkt wel dat de grief inhoudt dat originele stukken waren verdwenen, en dat in de plaats hiervan copieën werden ingevoegd in het dossier. Dit werd formeel tegengesproken door onderzoeksrechter Lacroix, die de stukken toonde waar het om ging.

(*) Bij deze zin staat in het verslag van de commissie volgende voetnoot:

Bij de bespreking van het dossier betreffende de dood van Latinus, dat klaarblijkelijk niet werd gevoegd bij het dossier omtrent de Bende van Nijvel, schrijft Gijsels dat, nadat het dossier in 1986 werd afgesloten en het vervolgens na een verzoek van Minister van Justitie Wathelet in juni 1989 was heropend, verschillende documenten uit het dossier waren verdwenen. Een van de vermiste documenten zou een proces-verbaal zijn dat betrekking had op de genaamde Faez Al Ajjaz (GI, 122).